La amenaza de lluvia alborotó el pit lane durante la vuelta de calentamiento y la mayoría de pilotos presentes en la parrilla cambiaron de moto y tuvieron que salir desde la línea de boxes. El cambio de moto con gomas y setup de seco a versión lluvia trastocó la salida y la opción lluvia, que había elegido Stefan Bradl, dejó al alemán sólo en la primera línea de la formación de salida con la mayoría de los pilotos de la categoría "Open" al fondo de la misma.
Desde Márquez, Lorenzo pasando por Dani Pedrosa, Rossi y el resto de pilotos de las motos Factory, se vieron agolpados en la línea de boxes esperando a que el semáforo se pusiese verde, tras pasar el último de los pilotos que si estaban en la formación de salida. Stefan Bradl se vio sólo en cabeza, con el italiano Danilo Petrucci último de la parrilla en la segunda plaza; mientras Marc Márquez comenzaba una brutal remontada y antes de concluir el cuarto giro ya era segundo tras desbancar al transalpino, lo que hizo instantes después Dani Pedrosa.
A ritmo de vuelta rápida de Márquez y Pedrosa se colocaron tras el rebufo de la moto de Bradl al que superaron para iniciar su propia batalla por la victoria. Valentino Rossi, fue dejando al resto de sus rivales para intentar iniciar la caza de los hombres que marchaban por delante, con Bradl, tercero, a tres segundos y medio de él y Lorenzo ya "enganchado" tras su rebufo.
Pero ni Rossi ni Lorenzo tardaron en dar buena cuenta de Stefan Bradl, mientras Márquez y Pedrosa aumentaban su ventaja de manera considerable a cada giro y con vuelta rápida casi en cada uno de ellos por parte de ambos. En el último tercio de la carrera Marc Márquez solo tuvo que mantener su ritmo y aprovecharse de los errores de Pedrosa para adjudicarse la victoria en Sachsenring, por delante de su compañero en el equipo Repsol y de Jorge Lorenzo.
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