Admirador de Ben Hogan desde que era casi un niño, Dufner empezó a jugar al golf bastante tarde, a los 15 años en el St. Thomas Aquinas High School, de Fort Lauderdale, en Florida, donde llegó procedente de Wasinghton.
Después de graduarse en económicas en el año 2000 y ser nombrado All American en 1997, en 1998 llegó a jugar la gran final del US Amateur Publics Links, uno de los torneos amateurs más importantes del mundo, pero cayó ante el sudafricano Trevor Immelman que le derrotó por 3 y 2.
En 2004 se hace miembro de la PGA norteamericana y disputa la segunda división del golf estadounidense, el Nationwide Tour, en los años 2001, 2002, 2003, 2005 y 2006 consiguiendo dos victorias en el Buy.Com Wichita Open en 2001 y LaSalle Bank Open en 2006.
Ya en el PGA Tour Dufner, famoso entre otras cosas por mascar habitualmente tabaco mientras jugaba al golf -algo que ya no hace- e inventarse el Dufnering (algo así como tumbarse y no hacer nada durante horas) ha conseguido dos victorias muy importantes en 2012, el Zurich Classic de New Orleans y el HP Bayron Nelson Classic.
Este año, el norteamericano original de Cleveland, Ohio, ha firmado una temporada bastante regular con dos Top-Ten, 6 Top 25 y sólo tres cortes fallados en los 18 torneos que ha jugado donde sus mejores actuaciones -aparte de la victoria en el US PGA Championship- fueron dos cuartos puestos en el Bridgestone Invitational y el US Open.
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