En la pelea inicial entre las Repsol Honda y las Yamaha de Valentino Rossi y Jorge Lorenzo se inmiscuyó el italiano Andrea Iannone con su Ducati Desmosedici GP14.3, aunque muy cerca también estuvo el piloto "Factory" de Yamaha, el español Pol Espargaró, además del italiano Andrea Dovizioso con la otra Ducati Desmosedici GP14.3, todos ellos ya por debajo de los dos minutos.
Los primeros minutos de la tercera jornada en el circuito malayo de Sepang resultaron los más apropiados para conseguir buenos tiempos, al no estar todavía la temperatura ambiente en su máximo apogeo, razón por la que todos los pilotos forzaron el ritmo al principio para luego trabajar en la realización de simulacros de carrera.
Así fue como la inmensa mayoría de participantes lograron sus mejores tiempos en el tramo inicial de la jornada, salvo en lo que se refiere al británico Scott Redding al manillar de una Honda RC 213 V (vuelta 65); el francés Mike di Meglio (Ducati Desmosedici GP14.2) en su penúltima, el británico Eugene Laverty (Honda Rc 213 VRS) a dos giros del final, el italiano Marco Melandri (Aprilia RS-GP), en su última vuelta, y el español Álvaro Bautista, también con la nueva RS-GP de Aprilia en el sexagésimo giro.
La ventaja de los pilotos de Repsol Honda fue nítida en esta tercera jornada, en la que tras probar todas las motos y efectivos técnicos trasladados por el fabricante nipón hasta Sepang, supieron seleccionar el material más apropiado para rendir al máximo nivel y "endosarle" medio segundo a su más inmediatos perseguidores, los italianos Andrea Iannone y Valentino Rossi, con Jorge Lorenzo a siete décimas de segundo en quinta posición.
Justo tras el doble campeón del mundo concluyó Pol Espargaró sobre una de las Yamaha YZR M 1 Factory del equipo Tech 3, mientras que su hermano Aleix Espargaró completó unas jornadas muy positivas para la nueva Suzuki GSX-RR al acabar décimo.
Héctor Barberá fue otro de los españoles destacados en la decimoquinta plaza con la Ducati Desmosedici del equipo que dirige Raúl Romero, aunque a 2,3 segundos del mejor tiempo de la categoría.
Tiempos de la tercera jornada en Sepang:
.1. Marc Márquez (ESP/Repsol Honda RC 213 V) 1:58.867
.2. Dani Pedrosa (ESP/Repsol Honda RC 213 V) 1:59.006
.3. Andrea Iannone (ITA/Ducati Desmosedici GP14.3) 1:59.388
.4. Valentino Rossi (ITA/Yamaha YZR M 1) 1:59.401
.5. Jorge Lorenzo (ESP/Yamaha YZR M 1) 1:59.624
.6. Pol Espargaró (ESP/Yamaha YZR M 1) 1:59.851
.7. Andrea Dovizioso (ITA/Ducati Desmosedici GP14.3)1:59.874
.8. Stefan Bradl (GER/FTR Yamaha YZR) 2:00.294
.9. Bradley Smith (GBR/Yamaha YZR M 1) 2:00.384
10. Aleix Espargaró (ESP/Suzuki GSX-RR) 2:00.486
11. Cal Crutchlow (GBR/Honda RC 213 V) 2:00.536
12. Maverick Viñales (ESP/Suzuki GSX-RR) 2:00.964
13. Danilo Petrucci (ITA/Ducati Desmosedici GP14.2) 2:00.970
14. Hiroshi Aoyama (JPN/Honda RC 213 V) 2:01.029
15. Héctor Barberá (ESP/Ducati Desmosedici GP14.2) 2:01.183
16. Michele Pirro (ITA/Ducati Desmosedici GP14.2) 2:01.232
17. Scott Redding (GBR/Honda RC 213 V) 2:01.263
18. Nicky Hayden (USA/Honda RC 213 VRS) 2:01.508
19. Loris Baz (FRA/FTR Yamaha YZR) 2:01.624
20. Jack Miller (AUS/Honda RC 213 VRS) 2:01.895
21. Álvaro Bautista (ESP/Aprilia RS-GP) 2:01.924
22. Mike di Meglio (FRA/Ducati Desmosedici GP14.2) 2:02.128
23. Karel Abraham (RCH/Honda RC 213 VRS) 2:02.297
24. Eugene Laverty (GBR/Honda RC 213 VRS) 2:02.334
25. Katsuyuki Nakasuga (JPN/Yamaha YZR M 1) 2:02.363
26. Takumi Takahashi (JPN/Honda RC 213 VRS) 2:03.113
27. Alex de Angelis (RSM/ART)2 2:03.471
28. Marco Melandri (ITA/Aprilia RS-GP) 2:03.641.